Zainteresowania naukowe dr inż. Michała Jacka Binczarskiego obejmują przetwarzanie biomasy odpadowej w skojarzonych procesach biologiczno-chemicznych w paliwa, dodatki paliwowe i chemikalia. W szczególności pracuje nad procesami katalitycznymi, w których wykorzystuje nośnikowe katalizatory palladowe i układy polimetaliczne na osnowie palladu.
Prowadzi również badania związane ze zwiększaniem skali, jest współtwórcą ćwierć-technicznych rozwiązań aparaturowych do hydrolizy kwasowej biomasy oraz katalitycznej konwersji bioetanolu w biobutanol.
Brał udział w projektach NCBiR: INNOTECH, ID 150409; PBS ID 177056; Biostrateg II, ID 296369; Biostrateg II, ID 297310, a także uczestniczy w projekcie finansowanym z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego: Jednomodułowa mobilna instalacja do wytwarzania i przerobu furfuralu w miejscu generowania bioodpadów (RPLD.01.02.02-10-0051/18) oraz w projekcie realizowany w ramach NCN poświęconym badania wpływu zawartości włókien poliestrowych i chemicznych środków wykończalniczych na przebieg procesów wspomaganej termicznie hydrolizy kwasowej odpadów z celulozowych i białkowych włókien naturalnych.
Jest współautorem 19 artykułów w czasopismach z listy JCR o sumarycznym IF=61,26 i liczbie cytowań 226.
W 2014 r. odbył 3-miesięczny staż naukowy w Beijing Forestry University, Chiny, pod opieką prof. Zhang Bolin, a w roku 2016/2017 staż przemysłowy w zakładzie produkcyjnym Oddział Dobrzelin Krajowej Spółki Cukrowej.